A gagueira fisiológica é a dificuldade na fala oriunda do processo de aquisição da linguagem. Ela tende a diminuir conforme aumenta o domínio dessa habilidade, ou seja, é algo passageiro. Já a gagueira patológica é persistente, pois tem origem neurológica. Não tem recuperação espontânea, mas pode ser corrigida com acompanhamento fonoaudiológico.
No início da aquisição da linguagem é comum que a criança demore um pouco para emitir sentenças, pois precisa buscar palavras, emitir corretamente os fonemas e elaborar frases com coerência. Essa aquisição é um fenômeno complexo, exigindo a coordenação de diversas habilidades, como o vocabulário (repertório) e a sintaxe (relações lógicas entre palavras e entre frases). Nesse percurso, ela pode travar no meio da fala ou prolongar e repetir sons. Problemas nesse processo formam um quadro de gagueira fisiológica.
A gagueira do desenvolvimento, ou patológica, costuma surgir nesse mesmo período, entre os 3 e os 5 anos de idade, coincidindo com a fase de aquisição da linguagem. Dentre suas diferenças está a possibilidade de ser mais severa, acompanhada de tensão perceptível no rosto ou no corpo da criança.
Como os dois tipos de gagueira são muito semelhantes, frequentemente é necessária a análise fonoaudiológica para determinar o caso da criança. Esperar o tempo para verificar se é realmente gagueira de origem neurológica implica em agravamento do quadro, e até lá já houve prejuízo de autoestima e dificuldade de interações sociais. Se a criança apresenta esse tipo de sintoma, o ideal é procurar auxílio o quanto antes.